如果系统的故障是由于系统文件、启动环境损坏引起的，那win2000的高级启动选项就不起作用了，我们可以使用以下这些方法来修复win2000：修复安装、恢复曾经备份的系统状态数据、执行紧急修复过程。

修复安装

如果win2000系统的故障是由系统文件的损坏或丢失引起的（在系统感染病毒或者安装了某些软件后可能就会发生这种情况），我们可以通过win2000的修复安装来简单的修复系统。需要注意的是，修复安装其实就是简单的覆盖安装（不比全新安装快多少），这样文件损坏的问题就解决了。而且，修复安装不会破坏原来的注册表内容，所以你原来的各种设置以及安装过的软件都保持原样。不过，如果系统故障是由于这册表的问题的话，修复安装也是不会有任何帮助的。

执行修复安装的方法是：利用Win2000 CD-ROM或者四张的setup disks磁盘组引导你的系统，进入后，显示安装还是修复的界面。这里不要选择修复，而是选择安装。然后安装程序会检测到旧的win2000安装，它会问你修复还是进行新的安装，我们选择修复就可以了。

恢复曾经备份的系统状态数据

这种方法主要用来修复与注册表、启动文件有关的故障，如果是域控制器，还可以用来恢复活动目录。要想使用这种方法修复win2000，需要提前备份你的系统状态数据。这里推荐大家装好系统后，就及时备份你的系统状态数据，并且在系统作了某些修改后，及时更新你的系统状态数据备份。

备份系统状态数据的具体方法是：
打开开始菜单|程序|附件|系统工具|备份，在备份选项卡中选中系统状态数据，然后设置备份的媒体，单击开始备份按钮。一般情况下，系统状态数据包括：COM数据库、启动文件、注册表，如果是域控制器，还会包括活动目录、SYSVOL文件夹。
这样在系统发生故障后，我们就可以通过恢复系统状态数据来修复它了。还原的方法是，打开备份工具，选择还原选项卡，找到系统状态数据的备份，进行还原。如果系统状态数据备份中包括活动目录的内容，则需要进入目录恢复模式才可以还原。

在备份系统状态信息时，注册表文件的副本也存储在了systemroot/repair/regback 文件夹中。如果注册表文件遭到破坏或被随机删除，那么可以使用这些文件修复注册表，而不用将系统状态数据全部还原。

执行紧急修复过程

我们还可以执行Windows 2000紧急修复过程来解决导致计算机无法启动的问题。这些问题包括注册表、系统文件、分区引导扇区和启动环境。但是要执行紧急修复过程，必须提前创建一个紧急修复磁盘（ERD）。如果没有创建 ERD，并且仍试图使用紧急修复过程修复计算机，该过程不会解决问题。NT4操作系统使用rdisk.exe来创建ERD，而在WIN2000中我们使用备份工具就可以了。具体方法是：打开备份工具，在欢迎选项卡上选择创建ERD。

注意：win2000的ERD不备份数据或程序，它不能代替对计算机的定期备份。紧急修复过程依赖保存在 SystemRoot\Repair文件夹中的信息，不可更改或删除此文件夹。在修复过程中，将使用Windows 2000 CD或系统分区上systemroot\Repair 文件夹中的文件替换丢失或毁坏的文件。从这些源中替换的文件将不反映安装之后的任何配置变化。

执行紧急修复过程的具体步骤为：
利用Win2000 CD-ROM或者四张的setup disks磁盘组引导你的系统；
出现安装还是修复的选项时，按 R 键选择修复，并选择紧急修复过程；
当系统提示时，在以下内容中选择：
手动修复（按 M 键）：只有高级用户或管理员才可以使用此选项。使用此选项可选择是否需要修复系统文件、分区启动扇区问题或启动环境问题。
快速修复（按 F 键）：这是最简单的选项，不需要输入。此选项将尝试修复与系统文件、系统盘上的分区启动扇区和启动环境（如果有双启动或多启动系统的话）相关的问题。
按照屏幕上的指示操作，当系统提示时，在驱动器中插入“紧急修复磁盘”;
根据屏幕的说明，可能需要记下检测为损坏或不正确文件的名称以帮助您诊断系统损坏的原因。
如果修复成功，则该过程完成，计算机将重新启动。